O nome "Cananéia" se deu pela história de um português expulso de Portugal
por problemas políticos e religiosos, chamado de Mestre Cosme Fernandes, o "Bacharel", e a
a índia Canniné, filha do chefe Ariró. O pai permitiu o casamento, dado a alta
cultura do Bacharel. Esta união não deixou descendentes e, para tristeza dos tupiniquins, este
deixou a terra de Caniné, cujo o nome foi sofrendo modificações. De Canniné, passou para Caniné,
que virou Cananéa até chegar a Cananéia. Cananéia foi fundada mais tarde por Martim Afonso de Sousa,
em 12 de Agosto de 1531, pois Portugal sentiu suas conquistas ameaçadas pelas incursões piratas que
em 1531 abordavam as costas brasileiras.